3.- Época Colonial.

Con la caída de Tenochtitlán(13 de agosto de 1521, Hernán Cortés y sus capitanes se apoderaron de la meseta del Anáhuac, extendiendo sus dominios por el occidente, hacia las márgenes del río Lerma donde se encontraban asentados los Mazahuas. A la par de la conquista militar se dio otra, la conquista espiritual las cuales llegaron sin duda a Atlacomulco, ésta se llevó a cabo mediante la construcción de un templo dedicado a Sta. María de Guadalupe en el siglo XVII, también hubo cambios en la organización económica y social, en el régimen de propiedad y la inserción de una cultura totalmente diferente (Monografía pág. 95).
Sometidos los pueblos indios, Hernán Cortés ofrece a sus capitanes como premio encomiendas. La encomienda otorgada a Francisco de Villegas el 18 de noviembre 1535 incluia a Atlacomulco pero su posesión es autorizada en Madrid por el rey hasta el 29 de abril de 1536.
Entre los primeros pueblos que recibieron mercedes de tierra se encuentran S. Pedro del Rosal cuyas extensiones fueron cedidas por el Virrey Don Luís de Velazco en 1559. Según documentos existentes en el archivo municipal Cédula Real de Felipe IV, enviada al Virrey Lópe Díez de Armendáriz, el primero signó su fundo legal al pueblo de Sta. María Atlacomulco el 8 de enero de 1639 y es con Don Rodrigo Trasloceros y Arlenguerque corregidor de la Jurisdicción de Ixtlahuaca a la que correspondía Atlacomulco, quien toma posesión de la tierras el 10 de septiembre 1639.